La sacrestia fu commissionata dal Magnifico Pandolfo Petrucci, Signore della città di Sien dal 1487 al 1512, come suo mausoleo funerario. Lungo le pareti corre l'austero coro ligneo intagliato da Antonio Barili nel 1497 e nella nicchia dietro all’altare è collocato lo straordinario gruppo scultoreo in terracotta policroma raffigurante il Compianto su Cristo morto, eseguito da Giacomo Cozzarelli sul finire del Quattrocento. Attorno al corpo senza vita di Cristo si dispongono la Madonna e i dolenti (San Giovanni Evangelista, Giuseppe d’Arimatea,  Nicodemo, una Maria e la Maddalena), i cui volti mostrano una partecipazione dolorosa e composta. Accanto a queste figure doveva trovarsi verosimilmente quella di San Bernardino, la cui copia si trova oggi nell’Oratorio del convento. Del Cozzarelli sono anche la pietra tombale di Pandolfo Petrucci e un bellissimo lavabo in marmo con lo stemma della famiglia.