La sacristía fue comisionada por el Magnífico Pandolfo Petrucci, Señor de Siena desde 1487 hasta 1512, como su mausoleo funerario. A lo largo de las paredes corre el austero coro de madera tarseado por Antonio Barili en 1497 y en el nicho detrás del altar está colocado una extraordinaria escultura en barro polícromo que representa el LLanto al Cristo muerto, realizada por Giacomo Cozzarelli a finales del siglo XV. Alrededor del cuerpo sin vida de Cristo se encuentran la Virgen y los dolientes (San Juan Evangelista, Joseph de Arimatea, Nicodemo, una María y la Magdalena) cuyos rostros muestran una participación dolente y compuesta. Cerca de ellos debía estar, verosímilmente la figura de San Bernardino cuya copia se encuentra hoy en día en el oratorio del monasterio. Siempre de Cozzarelli son la piedra tumbal de Pandolfo Petrucci y un maravilloso lavabo con el blasón de la familia.