La sacristie, comme son mausolée funéraire, est commandée par ‘il Magnifico’ Pandolfo Petrucci, Seigneur de la ville de Sienne de 1487 à 1512. Le long des parois se développe le chœur en bois, sculpté par Antonio Barili en 1497, et dans la niche derrière l’autel se trouve l’extraordinaire sculpture en terre cuite polychrome représentant la Lamentation devant le Christ mort, exécuté par Giacomo Cozzarelli vers la fin du XVe siècle.   Autour du corps sans vie du Christ se penchent la Madone et ceux qui souffrent avec elle (saint Jean l’évangéliste, Joseph d’Arimathie, Nicodème, Marie de Cléophas et sainte Marie Madeleine), dont les visages montrent une douleur retenue. A côté de ces personnages on pense que devait s’y trouver celui de saint Bernardin, dont la copie se trouve aujourd’hui dans l’Oratoire du couvent. La pierre tombale de Pandolfo Petrucci et un très beau lavabo en marbre avec les armoiries de la famille, sont de l’artiste Cozzarelli.