Après une restauration du XVIIe siècle, la cellule de saint Bernardin à l’époque se trouvait à l’étage supérieur du couvent, est placée dans la crypte et y reste jusqu’en 1939, lorsqu’elle est recréée  dans l’espace actuel qui constitue ce que l’on appelle ‘l’Oratoire de saint Bernardin’. On y conservait la tunique de voyage du Saint et la tablette qui porte gravé le monogramme de Jésus qu’il montrait au peuple durant ses prédications; toutes les deux ont été transférées dans le Musée proche. Dans le premier espace de l’Oratoire on trouve une lettre écrite par saint Giacomo della Marca, un tableau d’époque contemporaine d’Enzo Cesarini, et au-dessus du prie-Dieu, une sculpture en terre cuite de Saint Bernardin en prière, probablement une copie de celle qui devait faire partie du groupe de la Lamentation devant le Christ mort de Giacomo Cozzarelli, conservée à l’intérieur de la sacristie. Puis on accède à une seconde pièce dotée  d’un autel sur lequel se trouve un buste de saint Bernardin, du XVe siècle; il est proche du style de Lorenzo di Pietro, appelé Vecchietta, et provient de la façade de l’église.