La crypte est l’un des endroits les plus mystérieux et surprenants de la Cathédrale. Pour commencer, on faisait des hypothèses sur l’existence de cet espace jusqu’à ce qu’il soit découvert par hasard en 1999; de plus, le fait qu’il soit tombé dans l’oubli a permis une excellente conservation de l’ensemble. On ne peut que tomber en admiration devant les colonnes aux couleurs d’une vivacité extraordinaire et la stupeur ne fait que croître devant les peintures murales aux couleurs éclatantes. L’accès étroit témoigne de l’histoire compliquée de cet espace, réalisé peut-être comme dernier accès à la Cathédrale, dirigé vers ce qui était devenu le centre névralgique de la ville. Probablement, à la suite de l’écroulement de l’ancien Baptistère qui se situait traditionnellement devant la façade principale du Duomo, la nef centrale a été prolongée vers l’arrière de l’église, en utilisant ainsi le vide qui se créait sous celle-ci  grâce au dénivelé de la colline, pour y construire le nouveau Baptistère. C’est ainsi que cet espace est sacrifié, en le remplissant de terre et de détritus et en coupant les voûtes pour y installer le pavement de la nef centrale, située au-dessus.. Les détritus ont permis la conservation des couleurs, en les préservant de l’action de la lumière du jour et des agents atmosphériques. . . .