Al final de la nave central se encuentra el corazón de la Concatedral: el Altar mayor, proyecto de estilo neoclásico del arquitecto senés Agostino Fantastici del cual se conserva un dibujo realizado en 1828. El Altar se encuentra en una colocación original: al centro tiene la fachada de un antiguo templo griego o romano que evoca la grandeza del sacrificio en la Misa. En la liturgía del antiguo templo de Jerusalén, el pueblo hebraico sacrificaba animales para el culto divino y en la Misa se representaba el único sacrificio perfecto, agradecido por Dios y acontecido solo una vez: el de Jesucristo verdadero Dios y verdadero hombre. El fiel une la ofrenda de su propia vida a la del Señor asemejándose a Cristo  cuando toma  su Cuerpo. Detrás del altar se encuentra el Coro que recibe a los Canónicos del Capítulo para la Oración de las Horas que difunde en el tiempo cotidiano la Gracia de la Misa del domingo. El coro fue intarsiado y pintado por artesanos senéses en la primera mitad del siglo XIX. En el centro se encuentra  un facistol o atril de grandes dimensiones con la función de llevar el coral con las palabras y la música de la Liturgia de las Horas. Siempre en la parte presbiterial, a lado del altar, se encuentra la Cátedra del Obispo. Es un trono de madera de producción senesa realizado entre los siglos XVI y XVII. Parece que antes estuvo uno más elegante, . . .