Es el instrumento que con sus notas acompaña los distintos momentos de la celebración litúrgica. Fue realizado en 1522 por el conocido maestro organero senés Giovanni  Piffero que junto al de la iglesia de la Santísima Anunciada es una de sus mejores obras.
Al origen fue colocado en la parte izquierda de la nave en donde inicia el crucero y hoy en día se encuentra arriba del portón de la entrada, probablemente puesto aquí para pretegerlo en caso de que se presente un terremoto.
La caja es doble, una exterior en plomo de color blanco y una interior en abeto de color natural realizada en ocasión de su restauración en el año 1987.
Arriba de la caja se encuentra un baldaquin de madera tarseada con el blasón de la Orden Agustina con coronas de flores y en la parte baja motivos vegetales y pequeños angelitos con clarinetes en las manos.