La fuente bautismal, que se encuentra junto al altar mayor, es la otra señal poderosa  del ritual de la fe cristiana, ya que  es propio el sacramento del Bautizo a iniciar el camino de fe del hombre que recibiendo la palabra de Dios, decide  vivirla.
Colocada en la segunda capilla derecha del altar mayor, esta obra  fue realizada en el 1969 por las monjas capuchinas y se dedico a San Juan Bautista.
Se utilizo en su construcción mármol y cerámica, cerrada en cobre y latón, fue decorada con el globo y con la cruz apoyándose arriba de una losa de mármol octagonal. Esta forma tiene un significado preciso: recuerda el octavo día, el día de la Resurrección y el ingreso en la nueva vida de  Cristo.
A los cuatros lados de la fuente, se encuentra el símbolo del Orden Agustino, un corazón atravesado por una flecha en un libro, una escena de bautizo y dos relativas a la vida de Cristo.