L’altare maggiore in marmi policromi, tra i quali predomina il giallo di Siena, è un’opera della seconda metà del Seicento con chiari riferimenti rinascimentali ed è stato realizzato ad imitazione dell'altare del Duomo. Presenta tre gradoni sovrapposti, che richiamano il collegamento tra la terra e il Regno di Dio, e riporta al centro uno spazio aperto, oggi chiuso dalla statua della Vergine del Carmelo, che permetteva dal coro di vedere l’ostia alzata dal celebrante nel momento dell’Eucaristia. Si tratta di un tipico altare della Controriforma, con una mensa monumentale. Posto a coronamento di esso, il tabernacolo di forma cilindrica, eseguito tra Quattro e Cinquecento, nonostante oggi non venga utilizzato per la conservazione dell'ostia consacrata, rimane comunque segno della presenza di Cristo.