El altar mayor construido con mármoles polícromos, entre los cuales predomina el amarillo de Siena, es una obra de la segunda mitad del siglo XVII con claras relaciones renacentistas y ha sido realizado imitando el altar de la Catedral. Presenta tres grandes peldaños superpuestos que hacen pensar en una conexión entre la Tierra y el reino de Dios. En el centro se encuentra un espacio abierto, actualmente cerrado con  la estatua de la Virgen del Carmelo, que permitía ver, desde el coro,  la hostia levantada por el cura en el momento de la Eucaristía. Se trata de un típico altar de la Contrarreforma con una mensa monumental. A coronamiento de éste, se encuentra el tabernáculo con forma cilíndrica realizado entre los siglos XV y XVI. A pesar de que hoy no sea utilizado para la conservación de la hostia consagrada, queda de todas maneras, un signo de la presencia de Cristo.