All’interno la chiesa ha mantenuto, nel suo complesso, l’aspetto medievale. Ha una pianta longitudinale ed un soffitto a travi lignee decorate, possibile rimando all’Arca di Noè, l’arca della salvezza. La tipologia ad aula unica risponde all'esigenza di un'acustica perfetta per dare modo a tutti di partecipare alle preghiere, ascoltare le prediche e gli insegnamenti della dottrina cristiana. Ricorrente in molti esempi di questo tipo di chiese è la terminazione rettilinea dell’abside, coperta con una volta a crociera la cui decorazione, con un motivo a cielo stellato, rimanda alla Creazione. Al suo interno si trova il coro ligneo, realizzato nel 1687: esso è uno degli elementi caratterizzanti la vita carmelitana poiché qui i religiosi si riunivano per le preghiere diurne e per partecipare alle cerimonie liturgiche. Due porte lignee, intarsiate con le tre virtù teologali Fede, Speranza, Carità e con l’allegoria della religione, separano il coro dall’aula, luogo dove si raccolgono i fedeli. Il gradino che corre lungo le pareti della navata serviva sia come zona di scorrimento, per accedere agli altari laterali o alla cappella del Santissimo Sacramento quando la chiesa era affollata, sia come elemento di separazione tra lo spazio destinato all’assemblea e quello sacro degli altari laterali, poiché non bisogna dimenticare che anche qui si celebrava la Santa . . .