Le maître-autel en marbre polychrome, parmi lesquels prédomine le jaune de Sienne, est une œuvre de la seconde moitié du XVIIe siècle avec des références Renaissance nettes; il a été réalisé pour imiter le maître-autel du Duomo. Il présente trois gradins superposés, qui rappellent le lien entre la terre et le Règne de Dieu et rapporte au centre un espace ouvert, aujourd’hui fermé par la statue de la Vierge du Carmel; il permettait de voir, à partir du chœur, l’hostie élevée par le prêtre au moment de l’Eucharistie. Il s’agit d’un autel typique de la contre-Réforme, avec une table monumentale. En couronnement de l’autel, le tabernacle de forme cylindrique, exécuté entre le XVe et XVIe siècle, bien qu’il ne soit plus utilisé de nos jours pour la conservation de l’hostie consacrée, reste malgré tout un signe de la présence du Christ.