Flanquendo la parte est de la Basílica se nota una puerta que introduce hacia la grandiosa cripta que se desarrolla debajo de la iglesia con la misma superficie. Se entra por un vestíbulo que introduce hacia el sepulcreto de la familia Petrucci, un salón en ladrillos y bóvedas esquifadas en el cual se distingue el monumento funerario de Celia Petrucci (muerta a los quinze años en el 1558) constituido por una grande arca en travertí con una estructura arquitectónica de estilo clásico. Bajando algunos peldaños en la derecha, entramos en la cripta verdadera, cubierta por grandes bóvedas rebajadas y caracterizada por una orientació distinta respecto a la de la iglesia de arriba. Aquí se encuentran las tumbas de ilustres familias senesas y de artistas como Francesco di Giorgio Martini y Giacomo Cozzarelli. En la pared en el fondo estaba originariamente el fresco de Girolamo di Benvenuto con el Juicio final (destacado en el 1910 y hoy en dia cuidado en el Museo del monasterio) que, junto a las lápidas y a la luz extendida da al ambiente una atmosfera de recogimiento evocante el misterio de la muerte.