Tra i pezzi di maggior pregio conservati nel Museo è senza dubbio la testa frammentaria del Crocifisso eseguito nel 1338 da Lando di Pietro, unica scultura lignea conosciuta di questo artista senese, orafo e architetto. Autore e datazione sono stati scoperti in maniera del tutto particolare grazie alla tormentata vicenda del crocifisso: posto un tempo sull'altare maggiore della chiesa, esso fu ridotto in pezzi dal bombardamento del 1944; nell’incavo del ginocchio del Cristo venne allora rinvenuta una pergamena recante data e nome dell’autore, in cui quest'ultimo raccomandava la sua anima a Dio. Una seconda pergamena, più grande, era nascosta nella testa e conteneva una preghiera, il nome dell’autore e la data di esecuzione precisa dell’opera. Entrambe le pergamene sono oggi esposte all’interno del Museo.