Il nuovo comune colligiano si trovava al centro fra le due potenti repubbliche di Siena e Firenze che si contendevano la supremazia economico-politica della Toscana. Colle si alleò da subito con Firenze, ricavandone notevoli vantaggi: innanzitutto sviluppo economico e protezione militare. Infatti Firenze contribuì alla costruzione delle tre cinta murarie che proteggevano il Borgo di Santa Caterina, il Castello e, nel piano, il Borgo di San Iacopo. La lotta fra Siena e Firenze coinvolse costantemente Colle; tra le battaglie più importanti, che la videro schierata dalla parte fiorentina, ricordiamo la rovinosa sconfitta a Montaperti nel 1260 e la vittoria nella pianura di San Marziale, nel 1269, narrata da Pia dei Tolomei nella Divina Commedia di Dante. Nel corso del XIV secolo, Colle godette di un periodo di prosperità, caratterizzato da una notevole crescita demografica, con la conseguente espansione della città al di fuori delle antiche mura, verso il Piano. Sorsero scuole e spedali come lo “Spedaletto Refugio”, posto a Gracciano lungo la via Francigena e  l’Ospizio di S. Lazzaro, presso la Badia a Spugna. Il XV secolo rappresenta un periodo duro della storia di Colle. Nel 1479 il Duca Alfonso di Calabria, con un terribile assedio, mise in ginocchio i colligiani che si arresero senza poter contare sull’appoggio di Firenze, la quale successivamente riconobbe il . . .