Dopo la morte del primo Vescovo, i lavori subirono un rallentamento, dovuto alla mancanza di fondi fino al decisivo intervento di Maria Maddalena d’Austria, moglie di Cosimo II, alla quale fu assegnato il governo della città. Si poté così realizzare nel 1619 la copertura, pur riducendo a quattro il numero di campate rispetto alle cinque previste dal progetto originario; venne anche edificato l’altare maggiore.  Cosimo della Gherardesca, secondo Vescovo, procurò tutti gli arredi e la suppellettile liturgica, in modo da potervi celebrare solennemente, il primo luglio 1630, la festa del patrono San Marziale, nonostante l’utilizzo della Chiesa fosse ancora limitato alla zona vicina al transetto e all’altare. Il 5 novembre 1632 il Vescovo Cosimo benedisse la prima pietra del nuovo campanile, rimasto incompiuto, accanto al quale ancora oggi è presente l’ingresso all’antica cappella adibita a battistero, sul fianco sinistro della Cattedrale. Qui è visibile inoltre la facciata dell’antica pieve di San Salvatore. Sul fianco destro invece fu costruito l’ accesso alla cripta, sotto il piano della chiesa, dotata di tre altari e pitture murali, in uso alla Confraternita di Misericordia, da cui il nome.  La terza domenica di ottobre del 1658, il sesto Vescovo di Colle Giovan Battista Buonaccorsi effettuò la definitiva consacrazione della Cattedrale. L’arredamento . . .