Après la fin des travaux de l’intérieur de l’église, on décide de restaurer aussi le clocher et la façade sur laquelle Giuseppe Partini était déjà intervenu en ouvrant une rosace. Parmi les différentes solutions proposées le projet des architectes Vittorio Mariani et Gaetano Ceccherelli l’emporte; entre 1894 et 1913 ils démantèlent le portail du XVe siècle orné de la statue de Saint François et laissent la façade en briques. Le portail, attribué à  Francesco di Giorgio Martini et aujourd’hui utilisé comme encadrement de la reproduction de Padre Pio, est déplacé dans la nef alors que la sculpture du Saint est placée dans le transept.  La façade est complétée par une nouvelle entrée monumentale et autour de la rosace on place les sculptures des quatre symboles des Évangélistes réalisés par Amalia Duprè, Vittorio Mariani et Gaetano Ceccherelli. Le clocher, œuvre de Paolo Posi datant de 1763, est conservé dans sa forme originelle mais en briques. Dans les années 90, les fresques détachées de la Porta Romana et de la Porta Pispini sont placées sur la façade intérieure de l’église et en 1997, quelques toiles du XVIIe siècle, réalisées après l’incendie de 1655 sont installées dans la nef. Les peintures, conservées dans les dépôts de la Pinacothèque, sont insérées dans de simples supports en métal semblables à des . . .