Après la fin des travaux de l’intérieur de l’église, on décide de restaurer aussi le clocher et la façade sur laquelle Giuseppe Partini était déjà intervenu en ouvrant une rosace. Parmi les différentes solutions proposées le projet des architectes Vittorio Mariani et Gaetano Ceccherelli l’emporte; entre 1894 et 1913 ils démantèlent le portail du XVe siècle orné de la statue de Saint François et laissent la façade en briques. Le portail, attribué à
Francesco di Giorgio Martini et aujourd’hui utilisé comme encadrement de la reproduction de Padre Pio, est déplacé dans la nef alors que la sculpture du Saint est placée dans le transept.
La façade est complétée par une nouvelle entrée monumentale et autour de la rosace on place les sculptures des quatre symboles des Évangélistes réalisés par Amalia Duprè, Vittorio Mariani et Gaetano Ceccherelli.
Le clocher, œuvre de Paolo Posi datant de 1763, est conservé dans sa forme originelle mais en briques.
Dans les années 90, les fresques détachées de la Porta Romana et de la Porta Pispini sont placées sur la façade intérieure de l’église et en 1997, quelques toiles du XVIIe siècle, réalisées après l’incendie de 1655 sont installées dans la nef. Les peintures, conservées dans les dépôts de la Pinacothèque, sont insérées dans de simples supports en métal semblables à des autels.
En 2000, dans une optique de requalification urbaine, l’espace devant l’église, qui faisait partie de l’ensemble monastique aujourd’hui complétement démantelé, a été remanié. Le monastère se développait autour de quatre cloîtres : trois réservés au Noviciat, à l’étude générale et à la communauté conventuelle, plus tard occupés par l’Université de Sienne. Le quatrième cloître, réalisé au XVIe siècle, pour l’Inquisition, sera détruit plus tard et occupé par la Caserne des Carabinieri. L’Oratoire de saint Bernardin se dresse aussi sur la place; c’était le lieu de réunion de la Confrérie dédiée au Saint; actuellement c’est le siège du Musée diocésain d’Art sacré. A l’intérieur du musée se trouve une œuvre de
Sano di Pietro représentant Saint Bernardin qui prêche sur la place de saint François ; on peut voir comme se présentaient la façade de l’église et la place, au XVe siècle. La place a toujours joué un rôle fondamental dans la construction des églises franciscaines; c’est un élément indispensable en tant que lieu pour réunir le peuple et prêcher la Parole du Seigneur. En hommage à saint Bernardin, sur le pavement devant l’oratoire qui lui est dédié, un motif décoratif, de forme stylisée, rappelle le disque radié qui avec le monogramme christologique, constitue l’attribut iconographique du Saint de Sienne.