La nuit du 25 Août 1655 un terrible incendie se propage à l’intérieur de la Basilique de saint François détruisant des œuvres d’art et des autels. Suite à cette épisode désastreux la Basilique est l’objet de nombreuses restaurations qui concernent la partie intérieure et extérieure de l’édifice franciscain. La première intervention est successive à l’évènement calamiteux et concerne la réparation du temple selon le style baroque de l’époque, avec la construction de chapelles latérales le long des côtés de la nef centrale  et d’autels gigantesques enduits de blanc, rouge et jaune, au riche décor. En 1783, Léopold Ier de Lorraine supprime quelques Ordres religieux citadins, parmi lesquels celui de saint François; l’église est d’abord utilisée comme dépôt, puis après le tremblement de terre de 1798, elle sert de refuge pour les familles qui perdent leur maison. A partir de 1808 elle est occupée par les troupes françaises qui utilisent la crypte comme usine à salpêtre, élément indispensable pour fabriquer de la poudre à canon. Et en 1859, c’est au tour des Autrichiens d’occuper l’église. Pour adapter l’église en édifice militaire quelques travaux de maçonnerie sont réalisés et vers la fin du XIXe siècle, après avoir été occupée aussi par l’armée italienne, on propose de transformer définitivement le lieu . . .