Lungo il transetto, si possono ammirare alcuni dipinti murali realizzati dai fratelli Pietro e Ambrogio Lorenzetti intorno agli anni Trenta del Trecento. I frammenti fanno parte di un ciclo di affreschi concepito per la Sala Capitolare e per il Chiostro del Convento, staccati dal luogo d’origine e spostati all’interno della Basilica nel 1857. Nella terza cappella a sinistra dell’altare, incorniciata da un motivo ottocentesco, si conserva una Crocifissione realizzata da Pietro. La scena ritaglia la parte alta della rappresentazione, focalizzando l’attenzione sul Cristo e lasciando a mezzo busto le figure degli astanti. L’opera, eseguita dopo il soggiorno presso il cantiere della Basilica di San Francesco ad Assisi, mostra quella spazialità dei corpi e quel senso dell’espressività che caratterizzeranno le opere mature dell’artista senese. Il dolore è espresso dal movimento vorticoso degli angeli disperati, da Maria che sviene all’indietro e viene sorretta dalle altre donne, dalla stretta di spalle del giovane Giovanni che manifesta la sua disperazione in una smorfia di dolore. Uno dei più alti e drammatici capolavori del Maestro, in cui il corpo del Cristo viene accuratamente modellato tanto da ricordare alcuni esempi scultorei della Siena di quel tempo eseguiti da Giovanni Pisano. Dall’altro lato del transetto, nella cappella Bandini Piccolomini, furono . . .