Le long du transept on peut admirer quelques peintures murales réalisées par les frères Pietro et Ambrogio Lorenzetti dans les années Trente du XIVe siècle. Ces fragments font partie d’un cycle de fresques conçu pour la Salle Capitulaire et pour le cloître du couvent; ils ont été détachés de leur lieu d’origine et déplacés à l’intérieur de la Basilique en 1857. Dans la troisième chapelle à gauche de l’autel, encadrée par une décoration du XIXe siècle, est conservée une Crucifixion réalisée par Pietro. Le Christ domine la scène, alors que les personnages au pied de la croix sont représentés en demi buste. L’œuvre, exécutée après le séjour du peintre à Assise pour le chantier de la Basilique de saint François, montre la spatialité des corps et ce sens de l’expressivité qui caractériseront les œuvres matures de l’artiste. La douleur est exprimée par le mouvement vertigineux des anges désespérés, par Marie qui s’évanouit et est retenue par d’autres femmes, par l’expression de douleur de Jean qui se recroqueville sur lui-même. C’est l’un des plus grands chefs-d’œuvre dramatiques du Maître, dans lequel le corps du Christ est modelé avec soin au point de rappeler quelques sculptures de la Sienne de cette époque exécutées par Giovanni Pisano.   De l’autre côté du transept, dans la chapelle Bandini . . .