La noche del 25 de agosto de 1655 un terrible incendio en la Basílica de San Francisco destruyó obras de arte y altares que se encontraban dentro de la misma. Después de este desastroso episodio, la iglesia fue restaurada muchas veces sea en la parte exterior como en la interior. La primera intervención fue realizada inmediatamente después del incendio: reconstruyeron el templo según el estilo barroco de la época con la construcción de capillas laterales a lo largo de los corredores de la nave central y de grandísimos altares recubiertos de blanco, rojo y amarillo con ricos elementos decorativos. En 1783 Leopoldo I de Lorena, suprimió algunas ordenes religiosas ciudadanas como la Orden Franciscana y la iglesia fue utilizada en un primer momento como almacén y después del terremoto de 1798 como refugio para las familias sin casa. En 1808, la iglesia fue ocupada por las tropas francesas que utilizaron la cripta como fábrica de salitre, que era un elemento esencial para la realización de la pólvora y posteriormente en 1859 fue utilizada por los austríacos. Para adaptar la iglesia a fines militares fueron realizados trabajos de albañilería y hacia finales del siglo XIX, después de la utilización del edificio por el ejército italiano, se propuso cambiar definitivamente el lugar sacro en un cuartel. Esta posible transformación dió origen a una gran protesta . . .