A differenza dell’ordine maschile, improntato principalmente all’apostolato e alla cura delle anime dei fedeli, quello femminile era incentrato sulla clausura.
Secondo le costituzioni agostiniane largo spazio era dedicato alla preghiera; vigevano rigide norme sull’alimentazione e sull’osservanza del silenzio. All’interno del monastero si svolgevano diverse attività che si differenziavano in base all’istruzione delle monache: le più colte pregavano in coro, leggevano e svolgevano attività intellettuali, mentre le altre, chiamate Converse, si occupavano dei lavori manuali e più umili.
Essendo monache di clausura non potevano vivere di elemosine, per cui il proprio sostentamento proveniva dalle proprietà terriere ed immobiliari derivanti dalle doti dalle monache o da lasciti testamentari.
Dal XV secolo il convento di Santa Marta poté contare su un’ulteriore entrata proveniente dalle miniature eseguite dalle religiose per ornare corali e antifonari destinati al Duomo, all’eremo di Lecceto.