Sull’altare di sinistra è situata la tela raffigurante San Giovanni Battista nel deserto, databile intorno agli anni ottanta del XVI secolo. L’opera, anch’essa eseguita da Francesco Vanni, proviene dall’antica pieve del Santissimo Salvatore. Il dipinto si caratterizza non solo per una raffinatezza cromatica e formale, ma anche per la vena mistica tipica della pittura del Vanni. La scena è ambientata nel deserto,  luogo della predicazione di Giovanni il Battista a proposito della venuta del Messia: “Viene dopo di me colui che è più forte di me, al quale non son neppure degno di chinarmi a sciogliere il laccio dei suoi sandali” (Mc 1,7). Il Battista è distinguibile grazie ai suoi attributi iconografici: il bastone da viandante con la croce e la scritta “Ecce agnus Dei”(“Ecco l’agnello di Dio”, Gv 1, 29); la veste fatta di “pelli di cammello, con una cinghia di cuoio intorno ai fianchi” (Mc 1,6) e il mantello rosso, simbolo del suo martirio(dal greco μάρτυς, «testimone»). Il martirio, infatti, è l’ultimo atto con il quale Giovanni il Battista assolve il suo ruolo di precursore del Messia, che morirà sulla croce.