La chiesa è un luogo sacro dove tutto rimanda al Mistero divino. Già sul portale centrale, segno di Cristo (“io sono la porta”, Gv 10,9) si trovano i simboli della Passione del Signore e del Sacro Chiodo. Allo stesso modo, entrando, ci troviamo ai piedi di una croce formata dalla navata e dal transetto che la taglia in senso trasversale.
La navata centrale è lo spazio dove la comunità dei fedeli si riunisce per partecipare al rito, mentre le due navate laterali, fincheggiate da cappelle, sono ambienti di scorrimento verso il fuoco della celebrazione: l’altare maggiore.
Questo, posizionato all’intersezione dei bracci della croce, è il luogo dove si fa memoria del sacrificio di Cristo con il Sacramento dell’Eucarestia durante il quale ri-accade l’Ultima Cena e, con essa, si ripropongono la Passione, Morte, Resurrezione e Ascensione di Cristo. Sopra all’altare si trova il meraviglioso crocifisso in bronzo, fuso da Pietro Tacca, su modello di Giambologna. A sinistra è collocata la cattedra, sede del Vescovo, mentre nella zona abisdale si trova il coro dove sedeva il clero durante le celebrazioni, opere realizzate dall’artigiano Silvestro Ceramelli nel 1628.
Il transetto è chiuso da due cappelle: a sinistra quella del SS. Sacramento, dove sull’altare in pietre dure di manifattura fiorentina, si trova il tabernacolo che custodisce l’ostia consacrata, presenza reale di Cristo; a destra, quella del Sacro Chiodo dove viene custodita la preziosa reliquia, testimonianza della Passione.
Il fonte battesimale del fiorentino Domenico Rosselli, visibile dall’altare, era collocato in origine in una cappella adiacente alla Concattedrale destinata a Battistero, esterno quindi agli spazi della Chiesa in quanto è il Battesimo a segnare l’ingresso nella comunità dei credenti.
Nella navata, sorretto da colonne, lo stesso Rosselli realizza, nel 1465, il pulpito, dal quale si predica. L’artista riutilizza rilievi trecenteschi raffiguranti la Madonna con Bambino, San Giovanni Battista e San Pietro e aggiunge due nuovi riquadri per le fiancate con Sant’Alberto e il Beato Pietro Gargalini. Al di sopra un’iscrizione invita il fedele a valutare più la rettitudine che l’abilità oratoria del predicatore; la copertura, infine, reca il simbolo dello Spirito Santo che deve ispirare le parole dell’oratore.