Montalcino est mentionnée pour la première fois dans un document de 814 dans lequel le troisième fils de Charlemagne, Ludovic le Pieux, cède ce territoire en fief à Apollinare l’abbé de Sant’antimo.
L’un des premiers noms de Montalcino est Mons Ilcinus, ou montagne des chênes verts. Cet arbre recouvrait complètement la colline avant que l’homme ne plante des vignes, des oliviers, des châtaigniers, et arbres fruitiers; mais il est toujours l’emblème de l’étendard de la ville. Au Xème siècle, probablement à la suite des invasions barbares provenant du Nord, une vraie vague migratoire de peuples voisins envahit la partie la plus haute de la colline de Montalcino, pour s’y installer.
Prennent naissance alors les premiers noyaux habités autour des églises de Saint Ange in Castelvecchio, qui est remplacée au XIIIème siècle par l’église de Saint François et le couvent annexe; de Saint Égide du XIème siècle et détruite en 1300 pour construire la Forteresse; et de l’église du Très Saint Sauveur, construite autour de l’année 1000, la future Cathédrale. Vers 1100, sont construits les murs d’enceinte de la ville, de plus de quatre kilomètres de long, dotés de six portes et treize tours de garde.
En 1191, Montalcino est une commune libre; en 1235, Jacobo di Schiatta degli Uberti en est le podestat; c’est le père de Farinata degli Uberti, célèbre personnage de la Divine Comédie de Dante.
De 1200 jusqu’à la moitié de 1300, le territoire de Montalcino est au centre de guerres entre les Siennois et les Florentins qui se battent pour sa domination, pendant que l’abbaye de Sant’Antimo veut faire valoir ses propres droits féodaux. En 1361, Montalcino tombe dans les mains des gibelins (partisans de l’empereur) et fera partie de la République de Sienne qui connait alors de forts contrastes politiques contre lesquels lutteront de façon pacifique, d’abord Sainte Catherine (1347-1380) et ensuite Saint Bernardin (1380-1440).
C’est au moyen-âge que se forme la structure de la ville que l’on connait aujourd’hui, avec les églises principales toujours existantes; Sainte Marie du Secours, Saint Augustin, Saint Égide et Sainte Marie des Grâces. Cette dernière, connue à partir du XIVème siècle, fait partie des possessions de l’abbaye de Sant’Antimo; et au XVème siècle, y est édifié le couvent des religieuses “Guglielmine”
En 1462, le pape siennois Pie II élève Montalcino au rang de ville et nomme Cathédrale l’ancienne église du Très Saint Sauveur, fondant ainsi le diocèse uni de Montalcino et Pienza, son lieu d’origine. L’Évêque vit surtout dans la ville Renaissance de Pienza jusqu’à ce qu’en 1528 les deux diocèses sont séparés puis réunis et de nouveau séparés en 1599.
Montalcino a vu naître des personnages illustres comme Bernardo Lapini, humaniste, savant et commentateur de Pétrarque; ami d’Enea Silvio Piccolomini qui lui rendait souvent visite, en se promenant dans les environs du couvent franciscain.
L’église de Saint Laurent de Saint Pierre, de l’époque de Pie II, a été remaniée plusieurs fois au XVIIIème siècle; elle abritait la Confrérie des flagellants de Saint Pierre, connus pour leur sens profond de la charité et de la dévotion. Même l’église de Saint Antoine Abbé remonte à la moitié du XVème siècle; la façade et l’intérieur sont le fruit d’une restauration du XVIIIème siècle; elle abrite une Crucifixion avec la Madone et les saints Jean Évangéliste, Antoine Abbé et un Saint évêque, tableau de la seconde moitié du XVIème siècle, et une Mort de Saint Antoine Abbé, tableau du début du XVIIème siècle, du peintre siennois Pietro Sorri.
La République de Sienne tombe en 1555, mais pendant 4 ans Montalcino résiste aux assauts des Espagnols alliés du Grand Duc de Toscane, Cosme de Médicis. Elle est la dernière commune libre d’Italie, lorsqu’en 1559 elle tombe aux mains des Médicis.