L’Église est un lieu sacré où tout renvoit au Mystère divin. Déjà sur le portail central, signe du Christ (“moi, je suis la porte”, Jn 10, 9) se trouvent les symboles de la Passion du Seigneur et du Saint Clou. De la même manière, en entrant, nous nous trouvons en face de la croix formée par la nef et le transept qui la coupe perpendiculairement.
La nef centrale est l’espace où la communauté des fidèles se réunit pour participer au rite, alors que les deux nefs latérales, flanquées de chapelles, sont des lieux de passage vers le centre de la célébration : le maître-autel.
Celui-ci, placé à l’intersection des bras de la croix, est le lieu où l’on commémore le sacrifice du Christ avec le Sacrement de l’Eucharistie durant lequel se répète la Cène et avec celle-ci la Passion, la Mort, la Résurrection et l’Ascension du Christ. Au dessus de l’autel se dresse le merveilleux crucifix en bronze moulé de Pietro Tacca, à partir du modèle de Jean de Bologne. A gauche se trouve la chaire, siège de l’Évêque, et dans l’abside se trouve le chœur où s’asseyait le clergé durant les célébrations. Ces œuvres ont été réalisées par l’artisan Silvestro Ceramelli en 1628.
Le transept s’achève par deux chapelles: à gauche celle du Très Saint Sacrement; le tabernacle qui abrite l’hostie consacrée, présence réelle du Christ, est posé sur l’autel en pierres dures, de facture florentine. A droite, celle du Saint Clou où la précieuse relique est conservée, témoignage de la Passion.
Les fonts baptismaux du florentin Domenico Rosselli, que l’on peut voir de l’autel, étaient situés, à l’origine, dans une chapelle jouxtant la Con-cathédrale, destinée à devenir un Baptistère. Elle était donc extérieure à l’église puisque c’est le Baptême qui permet l’entrée dans la communauté des croyants.
Dans la nef, porté par des colonnes, Rosselli réalise en 1465, la chaire, d’où le prêtre prèche. L’artiste utilise des bas-reliefs du XIVème siècle; la Madone et l’Enfant, Saint Jean Baptiste et Saint Pierre. Et il ajoute deux nouveaux panneaux pour les côtés; Saint Albert et le Bienheureux Pietro Gargalini. Au dessus une inscription invite le fidèle à apprécier la rectitude du prêcheur plutôt que son habileté oratoire. Le dais, enfin, porte le symbole de l’Esprit Saint qui doit inspirer l’orateur.