Después de haber finalizado los trabajos en la parte interior, se pensó de restaurar el campanario y la fachada donde anteriormente el arquitecto Giuseppe Partini había trabajado abriendo un rosetón. Entre las muchas propuestas, ganó el proyecto de los arquitectos Vittorio Mariani y Gaetano Ceccherelli donde se propusó desmontar el portón decorado del siglo XV con la escultura de San Francisco y dejar la fachada en ladrillos,trabajos que se realizaron del 1894 al 1913. El portón , atribuido al artista
Francesco di Giorgio Martini actualmente cornisa de la reproducción de Padre Pío, fue puesto en la nave de la iglesia y la escultura del Santo en el cruzero.
La fachada fue terminada con una nueva entrada monumental y alrededor del rosetón se colocaron las esculturas de los cuatro símbolos de los Evangelistas realizados por Amalia Duprè, Vittorio Mariani y Gaetano Ceccherelli.
La torre campanaria, obra de Paolo Posi del 1763, fue conservada en su forma original pero con ladrillos a vista.
En los años noventa se colocaron en la contrafachada los frescos que formaban parte de Puerta Romana y Puerta Pispini y en 1997 pusieron en la nave algunas telas del siglo XVII realizadas después del incendio del 1655. Las telas, conservadas en el depósito de la Pinacoteca, fueron colocadas al interior de sencillas cornisas de metal parecidas a la de los altares.
En el 2000 en un proyecto de restauración urbana, fue recuperada la fachada de la iglesia, que anteriormente formaba parte del antiguo complejo monástico hoy en dia completamente dividido. El monasterio se desarrollaba alrededor de cuatro claustros: tres para los novicios, el estudio general y la comunidad monástica (posteriormente ocupados por la Universidad de Siena) y el cuarto, realizado en el siglo XVI para la Santa Inquisición, fue destruido y ocupado por el cuartel de los “Carabinieri”.
En la plaza se encuentra también el Oratorio de San Bernardino, un tiempo lugar de reunión de la Compañía intitulada al Santo y actualmente sede del Museo Diocesano de Arte Sacro. En una obra de
Sano di Pietro que representa a San Bernardino predicando en la plaza de San Francisco podemos darnos cuenta de como se presentaba la fachada y la plaza en el siglo XV.
La plaza siempre ha sido un espacio fundamental en la construcción de las iglesias franciscanas, un elemento imprescindible como lugar para reunir al pueblo y predicar la Palabra del Señor. Propio para rendir homenaje a San Bernardino en el piso enfrente al oratorio dedicado a él, se ha realizado una decoración que recuerda, en forma estilizada, el sol con rayos que junto al monograma cristológico, constituyen el atributo iconográfico del Santo senés.