El Baptisterio de San Juán es el lugar donde Santa Catalina fué bautizada y, como ella, también los seneses durante siglos. Este sitio tiene una importancia extraordinaria porqué a través del Bautismo se establece la apartenencia de los cristianos a la Iglesia universal y, en el mismo tiempo, a la comunidad local: además de simbolo del renacimiento de Cristo, el fuente bautismal es también signo de la identidad colectiva.
Respecto a la habitual estructura de los Baptisterios, éste de Siena presenta caracteristicas absolutamente particulares, en primer lugar por su ubicación, hallándose detrás de la Catedral en vez de estar enfrente de ella. Sin embargo mantiene la función simbólica de entrada a la Iglesia, puesto que se dirige en dirección del corazón de la ciudad.
A este Baptisterio falta además la tradicional estructura a planta octagonal que es la forma que expresa la participación del bautizado a la resurrección de Cristo, acontecida el primer día después del sábado, es decir el octavo; en efecto el edificio es un ambiente rectangular, dividido en tres naves cubiertas por bóvedas de cruceira. La connotación de este lugar como baptisterio está totalmente asegurada por dos elementos: el fuente bautismal, maravilloso resumen de la escultura toscana del Cuatrocientos y la decoración en fresco de las bóvedas que ilustra los artículos del Credo que contienen la fe exigida para el admisión al Bautismo.