El Batisterio de San Juán Bautista, flanqueado por una imponente escalera que llega en la plaza del Duomo, fué construido bajo de la Catedral talvez por Camaíno de Crescentino, maestro albañil ya a partir del 1299. La fachada marmórea, inacabada, domina al espectador también por la pequeña dimensión de la plaza enfrente. Ese imponente prospecto no repara sólo el Batisterio sino también el coro del Duomo “viejo” agrandecido, del cual se entrevee el grande ojo donde se hallaba la vidriera de Duccio de Buoninsegna, hoy substituida por una copia (2007). La vidriera original se halla en la Galeria de las Estatua del Museo de la Opera.
El 23 de agosto 1339 el Consejo General de la Campana deliberaba el ampliación de la Catedral senesa. La iglesia habría estado el cruzero de la nueva, cuyas naves habrían tenido que desarrolarse en el actual plaza Jacopo de la Quercia. En realidad desde el 1 mayo 1317, ya habían empezado los trabajos del prolongamiento hacia este (Vallepiatta) y se había empezado la costrucción de la fachada del Batisterio. En el junio 1325, cuando las bóvedas fueron cerradas, el cuerpo de San Juán estaba ya terminado asì como el revestimiento marmóreo y las esculturas cerca de los portones. Después del 1348, los trabajos para la costrucción del así llamado 'Duomo nuevo', se aflojaron hasta interrumpirse definitivamente por culpa des desistimiento económico provocado por la peste negra y por problemas de estática constatados ya en unas partes.
Durante el ampliación de la Catedral, en la epoca en la cual fué nombrado maestro albañil de la Opera de Santa María, el escultor Giovanni de Agostino, desde el 1340 hasta el 1348, continuaron los trabajos en la fachada del Batisterio. A la actividad en los años Cuarenta de Giovanni de Agostino, se refieren los relieves en las agujas de las ventanas del San Juán, representantes a Cristo bendiciente, Santa Apolonia y un profeta actualmente substituidos por copias. Al mismo artista pertenecen también los bustos que decoran las agujas de las ventanas de los lados del Batisterio (dos en el lado izquierdo y uno en el derecho del cual se veen las copias). Siempre en la fachada, en la parte arriba, se notan ocho cabezas humanas, viriles y mujeriles, de remarcable expresionismo y originalidad, realizadas entre los años cincuenta y Sesenta del Trescientos, antes del 1365, cuando los trabajos de la fachada fueron abandonados. Ha sido propuesto que fueron realizadas por el hermano de Giovanni de Agostino, él tambén escultor y arquitecto subintrado en el cargo de maestro albañil del duomo a la muerte del hermano.
En el piso del recinto sagrado, enfrente de los tres portones, se pueden admirar las taraceas realizadas con la técnica de la marquetería marmórea y de dibujo esgrafiado, utilizada para el piso de la Catedral. En éstos se pueden ver el Nacimiento, el Bautismo y la Confirmación. El iconografía sugiere la función sagrada del sitio que contiene el fuente bautismal.